El artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS), aplicable hasta 2014, establecía que, a efectos de la deducción por actividades de I+D+i , los sujetos pasivos podían aportar un informe motivado emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos para calificar las actividades como de I+D+i. En la ley actualmente reguladora del impuesto, la 27/2014, se contempla una previsión similar referida al ministerio competente.
La Administración tributaria ha negado, en los últimos años, la aplicación de la deducción por innovación tecnológica a proyectos de software en base a informes emitidos por sus “Equipos de Apoyo Informático”, unidades internas de la propia Administración tributaria. En estos informes se admitía la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, pero se concluía que los gastos no podían formar parte de la deducción por no encajar en el concepto base de la deducción regulada en el artículo 35 de la ley del impuesto.
Finalmente, el Tribunal Supremo, en sentencias de 8 y 9 de octubre de 2024, ha revocado tres sentencias de la Audiencia Nacional que respaldaban a la Administración tributaria, considerando que los citados “Equipos de Apoyo Informático” no constituyen un órgano independiente e imparcial y tampoco poseen los conocimientos técnicos necesarios para calificar los proyectos como de I+D+i ni los gastos e inversiones que constituyen la base de la deducción.
Así, el Alto Tribunal ha concluido que el informe ministerial al que se refiere el artículo 35.4 del TRLIS vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, tanto en la calificación del proyecto como innovación tecnológica como en los gastos e inversiones que constituyen la base de la deducción.
